Jediným real-timovým prvkem Enemy Unknown má být globální mapa světa, kde budete moci sledovat pohyb létajících talířů i všechny právě probíhající únosy. To tady určíte, kam mají směřovat další investice do výzkumu, jaké zadat úkoly továrnám či inzenýrům nebo jakým směrem vést diplomatické jednání s ostatními zeměmi, což je pro přežití vaší organizace XCOM zásadní.
V real-time modu budete moci dále nařídit stíhačkám, aby se pokusily zabránit přilétajícím UFO, případně tu provedete level-up vojáků či nábor nových rekrutů. Odsud také ještě vyšlete transport Skyranger, ale sotva plavidlo z vaší tajné základny dorazí na místo, hra se přepne do taktického pohledu. Všechny další kroky včetně jednotlivých soubojů, jež vaše specializovaná jednotka na zemi povede, už budou probíhat po tazích.
Oproti původnímu Enemy Unknown z roku 1994 budou mít vojáci lepší parametry, ale jinak chtějí autoři zůstat věrni originálu, a to i mírou vašich manažerských úkoů. Přesto bude mikromanagement zjednodušený tak, aby se maličko přizpůsobil trendům a konzolovým hráčům. Vojáci ale stále zemřou bez možnosti je znovu oživit a o tom, zda vyhrajete souboj, může stejně jako v originálu rozhodnout i fog-of-war.