Hry se během vývoje mění, včetně změn na poslední chvíli, které v dnešní době řeší obvykle day one patche. Do procesu finalizace GTA 3 ovšem zasáhla tragická událost – útok na World Trade Center 11. září 2001, čemuž vývojáři museli část obsahu přizpůsobit jen pár týdnů před vydáním. Tvůrci modu GTA 3D ze souborů hry vytahali nejen tyto změny, ale i mnohé další, třeba v oblasti řízení nebo uživatelského rozhraní.